20世紀80年代後期，隨著中國進入改革開放時期，與菲律賓也開啟了改善彼此關係的努力，雙方圍繞南沙領土爭議進行過多次溝通和磋商。1986年6月，菲律賓副總統薩爾瓦多·勞雷爾訪華時，鄧小平向他提出，“南沙問題可以先擱置一下，先放一放，我們不會讓這個問題妨礙與菲律賓和其他國家的友好關係”。1988年4月，科拉松·阿基諾總統訪華，鄧小平會見她時再次闡明了這一主張。他說：“從兩國友好關係出發，這個問題可先擱置一下，採取共同開發的辦法。”阿基諾總統和勞雷爾副總統對鄧小平的主張做出了積極的回應。
進入20世紀90年代，南海周邊國家加快了在南沙“搞動作”的步伐，中國漁民作業面臨越來越多的困難，也缺乏良好的避風地點和設施。為了解決這方面的問題，1994年中方決定在美濟礁建設避風設施。而這個行動引起菲方強烈反應，被稱為“美濟礁事件”。1995年8月，雙方在馬尼拉舉行關於南海問題和其他領域合作的具體磋商，闡述彼此立場，經過坦誠對話，雙方簽署了《中華人民共和國和菲律賓共和國關於南海問題和其他領域合作的磋商聯合聲明》，同意“有關爭議應通過平等和相互尊重基礎上的磋商，和平友好地加以解決”，承諾“循序漸進地進行合作，最終談判解決雙方爭議”，“爭議應由直接有關國家解決，不影響南海的航行自由”等。
中方的一貫立場是，中國對南沙群島擁有無可爭辯的主權。但是，考慮到這些分歧拖延已久，並考慮到中方與周邊國家圍繞南沙群島一些島礁所進行的反覆磋商，中方在與周邊國家改善關係的過程中，為了維護地區總體和平穩定，在不放棄主權的基礎上，提出擱置爭議、共同開發的主張。需要說明的是，這並不包括沒有爭議的黃岩島。事實上，菲律賓在1997年以前也從未對黃岩島提出過領土要求。黃岩島屬於中國這一點早有定論，不存在爭議。
眾所周知，菲律賓的疆域主要由1898年《美西巴黎條約》、1900年《美西華盛頓條約》和1930年《英美條約》所界定，這三個條約都明確規定了菲律賓領土位於東經118°以東。而黃岩島明顯位於該線以西，從未屬於過菲律賓。1935年《菲律賓共和國憲法》、1947年《美菲一般關係條約》、1952年《菲美軍事同盟條約》、1961年6月17日菲關於領海基線第3046號法令和1968年菲律賓關於領海基線的修正令等，都先後重申了三個條約的法律效力，再次明文確定了菲律賓的領土範圍，其領海基點和基線均未包括黃岩島。菲律賓官方也承認黃岩島不在菲律賓領土主權範圍內，在1967年、1981年和1984年菲律賓官方出版的地圖中，都清晰地顯示出黃岩島在用虛線標出的菲律賓領土界限之外。
1992年2月，時任菲律賓駐德國大使在致德國無線電愛好者的信中表示“黃岩島不在菲律賓領土主權範圍以內”。甚至到1994年10月18日，菲律賓國家地圖和資源信息局還確認，“菲律賓領土邊界和主權是由1898年12月10日《美西巴黎條約》第三款規定，斯卡巴羅礁(黃岩島)位於菲領土主權範圍之外”。
菲律賓覬覦黃岩島
20世紀50年代初，駐蘇比克灣的美國軍隊無視中國主權，擅自將黃岩島開闢成飛機拋棄廢彈的靶場。在越南戰爭時期，美軍轟炸機從越南行動之後返回設在菲律賓的克拉克空軍基地時，會經過黃岩島上空，將未投出去的炸彈拋在黃岩島潟湖內。
1980年後，菲律賓政府將黃岩島劃入其200海里專屬經濟區內，但是並未涉及主權要求。
菲律賓是在20世紀90年代後期開始提出黃岩島問題的，並試圖採取法律、外交和軍事等手段奪占中國的黃岩島。其大背景是1994年11月《聯合國海洋法公約》(以下簡稱《公約》)的生效。
菲律賓公開試探對黃岩島提出領土主權要求是在1997年，其領導人宣稱：“菲律賓有勘探和開發黃岩島資源的主權，因為它在菲律賓的專屬經濟區之內。”但是，《公約》主要涉及海洋，不能用於處理解決國家陸地領土主權歸屬問題，更未賦予任何國家依據本國的專屬經濟區索求其他國家領土的權利。菲律賓以所謂“專屬經濟區”索求對黃岩島主權是對《公約》的曲解。
菲方對黃岩島的企圖引起中方的高度警惕和反對，中國堅定不移地捍衛國家主權和權益。1997年4月30日，菲律賓海軍登上黃岩島，炸毀中國在1990年設立的主權碑，插上菲律賓國旗，菲律賓兩名國會議員乘軍艦登上黃岩島。中國海監船抵達現場，與菲律賓軍艦一度形成對峙，直到5月3日才緩和下來。
而菲方並沒有因此而收斂，不斷採取各種挑釁行動。
1997年8月5日，菲律賓和美國在黃岩島附近舉行海空聯合軍演。1998年1月至3月，來自海南省瓊海市潭門鎮的瓊海00473和00372號以及中遠漁313號和311號四艘漁船在兩個月時間內，相繼在黃岩島海域被菲律賓海軍攔截，51位漁民同樣遭到“非法入境”的指控，被菲律賓拘押近半年時間。
針對菲律賓方面言行的步步升級，中方一方面採取行動阻遏菲律賓的占島企圖，另一方面加強外交交涉，與菲方進行了多輪談判和磋商。
1999年3月，我曾以中國駐菲律賓大使的身份，參加了在馬尼拉舉行的中菲關於在南海建立信任措施工作小組會議，雙方交鋒激烈，但是都同意應該保持克制，達成了“不採取可能導致事態擴大化的行動的共識”。與此同時，中國與包括菲律賓在內的東盟國家啟動了針對南沙海域的《南海各方行為宣言》(DOC)的談判，《南海各方行為宣言》達成的一個最重要的共識是，不採取使爭議複雜化的行動，這事實上也是基於中菲共識。
但是，菲方顯然不想放棄無理的領土主張，圍繞黃岩島的行動並沒有停止。
得寸進尺
1999年5月23日，我擔任中國駐菲律賓大使期間，有中國漁船在黃岩島附近作業時遭遇菲方艦隻的騷擾。漁船被迫向北返回時，菲律賓軍艦緊追不放，直接撞沉了這艘排水量只有60噸的小漁船，導致11名漁民落水，有3位漁民被菲海軍扣留，帶回馬尼拉。
中國外交部就此向菲律賓提出嚴正抗議，大使館則連夜交涉，漁民得以在第二天乘民航飛機回國。之後，我應邀去馬尼拉新聞俱樂部接受記者採訪，途中停下來，從街頭報攤上買了一張由菲律賓國家地圖和資源信息局出版的菲律賓地圖。我在記者俱樂部的答記者會上，將那張圖展示給大家看，在場的菲律賓記者和外國記者都看得很清楚，根據地圖上的標示，黃岩島不在菲律賓的疆域之內。
1999年6月，菲律賓教育部在新版地圖中將黃岩島，連同整個南沙群島列入版圖。1999年8月菲政府將“南沙群島是菲律賓領土”列為修憲內容，試圖為其領土擴張提供法律依據。
最嚴重的是，1999年11月3日菲律賓海軍派出一艘舊軍艦，以機艙進水為由，在黃岩島潟湖東南入口處北側實施“坐灘”，向中方聲稱軍艦壞了，無法離開。因為此前在1999年5月已經有菲律賓“馬德雷山號”坦克登陸艦在仁愛礁撞灘後，以修船為由從此不走的前車之鑒，這次中方沒有再相信菲律賓海軍在黃岩島的托詞，施加了強大的外交壓力，要求菲方把船拖走。
1999年恰值菲律賓是東盟輪值主席國。東盟國家是中國的友好近鄰，中國已經同東盟所有成員國建立了外交關係，並於1996年成為東盟全面對話夥伴國。此後中國同東盟關係順利發展，高層往來頻繁，經貿合作逐步深化。1997年12月，時任中國國家主席江澤民出席了第一次東盟－中、日、韓首腦非正式會議，並與東盟國家領導人發表了《中國－東盟國家首腦會晤聯合聲明》，確定了中國－東盟面向21世紀睦鄰互信夥伴關係的方向和指導原則。1999年11月，第三次東盟非正式領導人會議輪到菲律賓做東，將在馬尼拉舉行，中國國家總理朱鎔基準備應邀出席。當時中國與東盟各國的經貿合作關係發展很快，這次會議對本地區和中菲兩國來說都相當重要。
但是，中方不能無視黃岩島上“坐灘”的菲律賓軍艦，菲方的行為侵犯了中國的領土主權，也嚴重違反了雙方的共識。當時朱鎔基總理率領的代表團計劃訪菲並出席在馬尼拉舉辦的領導人會議，正在馬尼拉訪問，代表團停留在了浮羅交怡島，等待菲方處置擱淺船隻的問題。我為此面見時任菲律賓總統埃斯特拉達，他認真聽取了我對情況的介紹和北京傳來的信息和意見，之後進行了內部協調。
最終菲方承諾將軍艦拖回碼頭。中方代表團順利抵達馬尼拉，第三屆東盟非正式首腦會議於1999年12月成功舉行。在會議完全結束之前，菲方的“坐灘”軍艦返回到碼頭，時任菲律賓總參謀長安吉洛·雷耶斯給我打電話通告了這個信息。
