此後，菲方並沒有放棄，又以“地理鄰近”為理由，提出對黃岩島的“領土主權”。2000年菲律賓總統發言人說：黃岩島是菲律賓領土的一部分，因其位於距離呂宋島125海里處，而距離中國大陸將近1 000海里，距離海南島600海里，因此，“中國對於這座島礁的主權立場缺乏歷史與法律基礎”。然而，從國際司法實踐和國際判例看，所謂的“地理鄰近”並不能構成一國侵佔另一國領土的依據。很多國家的海外領地都遠離本土，比如關島距離美國本土將近上萬公里(從關島到美國加州西海岸是9 780公里)。
2001年3月15日，菲律賓副總統兼外長金戈納發表聲明說：“黃岩島是菲律賓領土的一部分，菲方已經對該海域行使主權和管轄權。”在這些激進主張的鼓勵下，菲律賓開始在黃岩島附近海域攔截中方漁船。對此，中方強烈反對，指出：“黃岩島是中國的固有領土，其海域是中國漁民的傳統漁場。菲方無權對在黃岩島附近海域作業的中國漁船登臨檢查和採取措施。”
中國與東盟國家經過反覆磋商和艱苦談判，於2002年簽署了《南海各方行為宣言》，此後一直到2012年的十年裡，中國一直遵守了在《南海各方行為宣言》中的承諾，在涉及南海的諸多事務上保持著克制，並且通過外交渠道不斷要求東盟國家遵守共識，不要破壞地區和平穩定。
然而，菲律賓無論是在言論上還是在行動上，都一直在不斷強化對南沙一些島礁的控制和對黃岩島的侵犯。
根據大陸架界限委員會(CLCS，根據《聯合國海洋法公約》設立的機構)的規定，2009年5月13日是各成員國向該委員會提交外大陸架劃界信息的截止時間。隨著這個日子的臨近，南海一些沿岸國家的“藍色圈地”活動愈演愈烈，菲律賓政府再次在南沙群島問題上以及針對黃岩島發起挑釁：
2009年1月28日，菲律賓參議院通過2699號法案(Senate Bill 2699)，即《制定菲律賓領海基線的法案》，將黃岩島和南沙群島部分島礁(包括目前在中國台灣當局控制下的太平島)納入菲律賓領土；同年2月2日，菲律賓眾議院通過第3216號法案(House Bill 3216)，將黃岩島以及南沙群島的部分島礁(包括太平島)劃入菲領土；2月17日，菲國會批准《制定菲律賓領海基線的法案》；3月10日，菲律賓總統阿羅約不顧中國抗議，正式簽署該法案。
在阿羅約政府時期，中菲雙方圍繞黃岩島和南沙群島在外交上經常發生交鋒，不過，菲方在海上基本能保持一定的克制，中菲還在禮樂灘共同開發上達成了共識，並且在聯合勘探上取得了一些好的進展。
忍無可忍
菲律賓新總統阿基諾三世2010年上任伊始，開始在南海採取一系列更加激進的行動，不斷刺激中方，完全背離了雙方在20世紀末至21世紀初經過外交協商達成的一系列共識。2011年3月菲律賓軍方披露，計劃投入2.3億美元修整在南海島礁上的軍營和跑道；6月，阿基諾三世指令菲律賓相關部門以“西菲律賓海”一詞替換“南海”這一國際通用地名。菲律賓還開始頻繁地在黃岩島及附近海域抓扣中國漁民，試圖通過這種方式施加管轄和控制，為主權聲索提供依據。
中方對菲律賓的挑釁已忍無可忍，2012年4月10日發生的“黃岩島事件”終於成為“壓垮駱駝的最後一根稻草”。如前所述，2012年4月11日，中國媒體頭版報道了中國漁民在黃岩島受到菲律賓海軍襲擾和侮辱，也有報紙刊登了中國漁民被菲律賓的軍人押上軍艦曝曬的照片，引發中國公眾的強烈反應。中國“海監75號”和“海監84號”在11日上午趕到現場，阻止了菲軍人扣押中國漁民的企圖。
美聯社評論說，此次事件是中菲兩國在南海領土爭端方面“最嚴重的一次對抗”。菲律賓外交部則於4月11日通過媒體透露，一艘菲律賓軍艦在南海中沙群島黃岩島試圖抓捕中國漁民時，被兩艘中國海監船阻止，中國海監船擋在菲律賓軍艦與中國漁船之間，雙方發生對峙。
我當時在中國外交部擔任副部長，主管亞洲事務，參與了處置這次事件。
事件發生後，中國外交部立即啟動了應急模式，一方面盡可能向多方瞭解情況，另一方面緊急與相關部門協調，部署處置。考慮到漁民的安全，並且為了避免現場失控，4月14日中方要求漁船全部撤出黃岩島潟湖。這對漁民來說是比較為難的事，因為他們大部分人都是通過貸款購買了捕魚的器械和設備，在沒有完成捕魚作業之前離開漁場，難免造成比較大的經濟損失。所以，他們被允諾，一旦形勢緩和就能重新返回潟湖漁場，實現當年的捕魚計劃。
同時，我們試圖通過外交渠道與菲方溝通，希望平息事端。但是對方毫無商量的意願，更喜歡“通過麥克風”，也就是媒體渠道，向中方喊話。尤其是時任菲律賓外長艾伯特·德爾·羅薩裡奧，完全不理睬中方關於溝通商談的要求，他每天通過媒體發表言論。更有甚者，菲外交部慫恿一艘載有第三國專業人員的考古船於4月16日進入黃岩島潟湖，開展所謂的“考古打撈作業”，全然一副有權掌控黃岩島的架勢，更加引發中國民眾的反感和中方對失去黃岩島的擔心。
2012年4月16日，菲律賓與美國舉行例行的“肩並肩”聯合軍事演習，據報道，有4500名美軍士兵和2 300名菲律賓士兵參加。日本、韓國、越南等七個國家首次派出觀察員參加其中的人道主義救援與災害響應演習環節。
2012年4月15日起至5月中旬，我就黃岩島緊張事態向菲律賓駐華使館臨時代辦提出多輪交涉，對方每次來了只是聽聽，不予回應。4月25日，菲律賓外交部發表聲明稱：“中國認為菲律賓不遵守共識，但是，菲律賓認為雙方從來就沒有達成共識。”這讓我們很懷疑菲律賓外交部是否有正常的檔案收存。2012年5月3日，菲律賓總統府發言人宣佈正式將黃岩島改稱為“帕納塔格礁”(Panatag Shoal)。
黃岩島的生態獨特，中國漁政機構每年發放有限執照，允許少量中國漁民在魚汛期間在潟湖內捕魚。考慮到擁有黃岩島捕撈執照的漁民多有償貸壓力，隨著緊張形勢的緩解，中方於2012年5月9日允許漁船重返黃岩島潟湖作業。在他們動身之前，為了避免新的緊張局勢，且考慮到應讓外界更好地瞭解事情經緯，5月7日我再次約見了菲律賓駐華使館臨時代辦蔡福烔，要求菲方克制，隨後將交涉內容對外公佈。中方的期待是，經歷過此次事件之後，菲方能夠吸取教訓，讓黃岩島事態重歸安寧和平靜。
正所謂樹欲靜而風不止，菲方完全沒有停止挑釁的意思，竟然派出小型公務船隻進入潟湖內，而且輪班駐守，不肯離去，還在湖中放下浮標。中國漁民抵達黃岩島之後，驚訝地發現潟湖內菲律賓公務船上的人員配備有槍支。
現場的情況令我們高度擔憂，雖然中方大型公務船已經實現對黃岩島外圍海域的控制，但是，潟湖內的漁船沒有任何保護，如果漁民再次受到襲擾，雙方在潟湖發生衝突，難免出現新的嚴重事態，甚至傷及平民。
針對這種危險情況，中方通過外交渠道多次敦促菲律賓撤出潟湖內的武裝船隻，而菲方不予理睬。菲律賓外交部也一直拒絕中國駐馬尼拉大使館的任何溝通要求，這種切斷外交交往的做法在和平環境下是非常罕見的。
這種情況持續了兩個多星期，至2012年5月底。此時，中方決定也派出執法小艇進入潟湖，更好地保護中國漁民的正常捕魚作業。同時，中方也增加了潟湖外的警戒力量。這樣，就形成中方小型公務船和漁船與菲律賓的武裝公務船同時存在在潟湖內的一種態勢，雖然暫時安撫住了漁民，但是仍然存在發生衝突的危險。
誰是幕後推手？
菲律賓的海軍為什麼最初敢在黃岩島公然向中方發難？為什麼敢於對中國漁民採取如此極端的行動？這種反常行為讓人覺得詫異，不能不考慮背後站的是什麼力量。
冷戰後東亞一體化加快發展，菲律賓也積極參與其中並且獲益。菲律賓與美國有軍事同盟關係，在美國亞洲軍事行動中一直充當重要支點，在美國“重返亞太”和實施“亞太再平衡”戰略的背景下，美國對南海的關注無疑給了菲律賓一定的刺激和鼓勵。
2011年11月時任美國國務卿希拉裡·克林頓訪問菲律賓，其間她登上停泊在馬尼拉港的“菲茨杰拉德號”導彈驅逐艦並發表演講，姿態刻意。她專門談到南海問題，表示美國不站在任何一方領土主張的一邊，但是會幫助菲律賓保衛海洋區域；任何國家沒有權利使用恫嚇或脅迫的方式索取海洋權益，應該遵守包括《聯合國海洋法公約》在內的國際法和有關法律規定。
